路德一开始的态度是友善的,本意是好的,但由于他的神学体系当中在犹太人问题上存在一系列根深蒂固的谬误(参见马丁-路得〈罗马书注释〉),以至于后来成为历史上最为恶毒攻击犹太人的基督教神学家。当他看到犹太人对基督教的信息没有回应的时候,就转而向他们采取了敌视的态度。他发表了一系列恶意昭彰的小册子,包括臭名卓著的《犹太人和他们的谎言》(On the Jews and their Lies)(1543)。在这些充满苦毒和谩骂的文章中,他把犹太人称为“毒液”、“盗贼”、“令人作呕的害虫”。他倡议焚毁犹太人的学校和会堂,把犹太人转移到“隔都”里面,没收犹太人的“亵渎”书籍,禁止拉比教导死亡和痛苦的问题,鼓励没收犹太人的财产,用作宣扬基督教的经费。他说,应当惩罚犹太人,让他们去做苦力,还呼吁把犹太人永远驱逐出德国。路德最后一次谈到犹太人的时候说:“我们错就错在没把他们彻底铲除”。四百多年以后,这些反犹教义深受纳粹的欢迎,《犹太人和他们的谎言》一书在希特勒上台以后得以大量再版发行,纳粹骇人听闻地完成了路德未尽的心愿。庆幸的是,最近几年,在犹太人和路德宗领袖的共同努力下,两种信仰之间的关系才得到了很大的改善。美国的路德教会九十年代初期终于同意发表声明,放弃路得的教导,并且就过去的反犹思想向犹太人道歉。